Первоначально на этом месте находилась деревянная церковь Зачатия Святой Анны, построенная в конце XV века по инициативе великой княгини Софьи Палеолог, супруги Ивана III. Церковь была возведена в память о рождении наследника престола, будущего великого князя Василия III. В XVI веке деревянный храм сгорел, однако уцелела икона Спаса Нерукотворного, которая стала главной святыней нового храма, построенного на этом месте и освящённого в честь этого образа.
В 1680 году началось строительство каменного храма, завершившееся в 1689 году. Новый храм был освящён 7 июля 1689 года в честь Богоявления Господня. Архитектурный облик храма представляет собой бесстолпный двусветный четверик, перекрытый лотковым сводом с центральным барабаном пучкового пятиглавия. В 1800—1804 годах были пристроены трапезная с приделами Введения во храм Пресвятой Богородицы и священномученика Харлампия, а также возведена новая колокольня в стиле классицизма.
Храм Богоявления Господня является родовым приходом святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского и Коломенского. Он родился 26 декабря 1782 года в церковном доме при храме. Его прадед, Афанасий Филиппов, служил священником в этом храме, а дед, Никита Афанасьевич, также был священнослужителем здесь. Таким образом, семья святителя Филарета была тесно связана с историей этого храма.
В советский период храм Богоявления Господня не закрывался и продолжал функционировать, что является редкостью для того времени. Он стал единственным в Коломне храмом, не прекратившим богослужения в годы атеистических гонений, и выполнял роль кафедрального храма митрополитов Крутицких и Коломенских в 1940-х—1980-х годах.
