Строительство храма было завершено в 1695 году в традициях московского барокко. Изначально церковь служила домовым храмом для купеческой семьи Мещаниновых, одним из представителей которой был Демид Мещанинов, по инициативе которого, вероятно, и было начато строительство. В XVIII веке были проведены работы по перестройке колокольни с закрытой папертью и увеличен северный придел. В период с 1858 по 1860 годы в трапезной части церкви были заменены сводчатые перекрытия, а также обустроен второй южный придел. Внешняя обработка здания была изменена на элементы позднего ампира. Храм представляет собой одноглавое, бесстолпное здание в виде высокого двусветного четверика, перекрытого сомкнутым сводом. В храме имеются два придела: во имя апостола Иакова, брата Господня, и святителя Митрофана Воронежского. На своде и стенах церкви сохранилась часть росписей 1830 года с последующими обновлениями.
В храме находились святыни: чудотворная Иерусалимская икона Божией Матери, крест и Владимирская икона, принадлежавшая князю Дмитрию Пожарскому и, по преданию, сопровождавшая его в походах. Также в храме хранились мощи многих святых. В округе великомученик Никита почитался как покровитель младенцев. За святой водой для исцеления младенцев приходили со всего города.
В советский период храм был разрушен и разграблен. В начале 2000-х годов было принято решение вернуть здание храма Русской Православной Церкви. 28 сентября 2001 года, в день памяти великомученика Никиты, здесь состоялась первая Литургия. В 2002 году в приделе апостола Иакова был установлен обновлённый иконостас, написанный коломенским художником Андреем Гавриловым. Реставрация трапезной была завершена в 2011 году. В 2016 году, в день Воздвижения Животворящего Креста Господня, на церковь были установлены маковки с крестами.
