Строительство храма началось в 1655 году, в период правления царя Алексея Михайловича, и было завершено в 1695 году. Храм возведён в традициях московского барокко и первоначально являлся домовым для богатого купеческого рода Мещаниновых. Родоначальником этой семьи был Демид Мещанинов, по инициативе которого, предположительно, и был построен храм.
В XVIII веке храм подвергся значительным изменениям: была перестроена колокольня с закрытой папертью, увеличен северный придел. В период 1858—1860 годов в тёплой трапезной части храма заменили сводчатые перекрытия в связи с устройством второго южного придела. В результате этих перестроек внешняя барочная обработка здания уступила место позднему ампиру.
Архитектурно Никитский храм представляет собой одноглавый, бесстолпный храм в виде высокого двусветного четверика, перекрытого сомкнутым сводом. Храм имеет два придела: во имя апостола Иакова, брата Господня, и святителя Митрофана Воронежского.
В советский период храм был закрыт и использовался для различных хозяйственных нужд. В 1990-х годах здание храма было возвращено Русской Православной Церкви, после чего начались восстановительные работы. В настоящее время Никитский храм является действующим, в нём регулярно проводятся богослужения. Здание церкви является объектом культурного наследия и находится под охраной государства.
