Деревня Баскачи известна с XVI века и, вероятно, получила своё название от татарского слова «баскак», что означает сборщик дани. Археологические исследования свидетельствуют о существовании здесь в XII веке небольшого городка-кремля Баскач (Котожель). В XVI веке село Баскачи стало центром одноимённого прихода, который включал также деревни Горки, Хитровка, Новоселки, Хворостянка и Терново. Первоначально приходским центром было село Терново с деревянной церковью Рождества Богородицы, упразднённой в XVII веке. В 1570-х годах приход был перенесён в Баскачи, где и была построена новая церковь Богоявления Господня.
Каменный храм был возведён в 1752 году на средства помещиц Веры и Прасковьи Мещерских, представительниц древнего рода князей Мещерских, владельцев села Баскачи. Строительство церкви было приурочено к 100-летнему юбилею со дня рождения их отца, стольника князя Андрея Афанасьевича Мещерского, участника Азовского похода Петра I. Он был похоронен в приделе храма, и над его могилой была установлена надпись: «1743 г. дек. 11 д. преставился раб Божий стольник князь Андрей Афанасьевич Мещерский… жития его на свете было 101 год».
Архитектура церкви представляет собой уникальное сочетание традиций древнерусского зодчества и элементов европейского барокко. Здание состоит из слиянных объёмов храма и трапезной, вытянутых по продольной оси, с тяжеловесной трёхъярусной колокольней над западным входом. Особенностью является использование белокаменных деталей, придающих зданию изысканный внешний вид.
В советский период церковь не закрывалась, однако её состояние постепенно ухудшалось. В середине XX века были предприняты попытки разобрать здание для использования материалов в строительстве колхозного коровника, что привело к повреждению западной стены. Позднее храм использовался как зернохранилище. К счастью, значительных разрушений удалось избежать, и здание сохранило свою архитектурную целостность.
Возрождение интереса к храму началось в 1997 году, когда были предприняты первые шаги к его восстановлению. В настоящее время продолжаются работы по реставрации и сохранению этого уникального памятника. Церковь Богоявления Господня в Баскачи признана объектом культурного наследия федерального значения и продолжает привлекать внимание как исследователей, так и паломников.
