Богородицкий Житенный монастырь основан в 1716 году указом Петра I на полуострове Житное озера Селигер близ города Осташкова. Поводом к учреждению обители послужил спор между прихожанами Троицкой и Воскресенской церквей Осташковской слободы за право обладания чудотворной Смоленской иконой Божией Матери Одигитрии. Эта икона, находившаяся ранее на воротах городской крепости, была обретена невредимой после пожара 1711 года.
Первоначально на острове была возведена деревянная пятиглавая церковь в честь Смоленской иконы, вокруг которой сформировалась монашеская община. В 1734-1743 годах построен каменный Смоленский собор с приделом Трех Святителей. В 1751 году сооружена трехъярусная колокольня, а в 1761 году добавлен придел святителя Димитрия Ростовского. В 1767-1768 годах возведена надвратная церковь апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного.
С 1751 по 1758 год и в 1772-1801 годах при монастыре действовало первое в Тверской губернии уездное духовное училище, где обучалось около 130 детей духовного сословия. В 1760-1761 годах монастырь обнесен каменной оградой с четырьмя башнями. К середине XIX века обитель владела 137 десятинами земли, рыбными ловлями на Селигере и мельницами.
В 1929 году монастырь был закрыт советской властью, на его территории разместился маслозавод, что привело к значительным разрушениям архитектурного комплекса. Монастырский некрополь, существовавший с 1773 года, был уничтожен, надгробные плиты использованы для строительных нужд.
17 июля 2002 года указом Священного Синода Русской Православной Церкви монастырь возобновлен как женская обитель. На момент возрождения все здания находились в аварийном состоянии. В настоящее время ведутся восстановительные работы, в том числе реставрация Смоленского собора.