Первое упоминание о храме в деревне Бегуницы относится к 1500 году, когда здесь существовала деревянная церковь во имя пророка Илии. В писцовых книгах указано, что храм был центром Ильинского Замошского погоста Копорского уезда. В период шведского владычества в 1582-1703 годах церковь подверглась разорению, после чего центр погоста переместился в село Горки.
В 1736-1737 годах князем А.М. Голицыным была построена новая деревянная Михайловская церковь с Ильинским приделом. Храм просуществовал 86 лет и сгорел в 1822 году. В 1793 году генерал-майор Александр Иванович Рамбург подал прошение в Священный синод о разрешении на строительство каменного храма. Строительство началось в 1800 году и продолжалось с перерывами до 1813 года.
Каменный храм был освящен в 1813 году протоиереем Иоанном Бедринским в честь Архистратига Михаила. Здание представляло собой прямоугольную постройку в стиле классицизма с пятигранной апсидой и прямоугольным приделом с южной стороны. В 1892-1894 годах по проекту архитектора В.И. Фиделли была пристроена каменная колокольня, заменившая первоначальную деревянную.
В 1930-х годах храм был закрыт. В здании размещались клуб, затем тракторная мастерская. В этот период были утрачены первоначальные завершения храма, включая купол и колокольню со шпилем. В 1996 году здание было возвращено Русской Православной Церкви и повторно освящено в честь Архистратига Михаила.
Храм имеет два престола: главный - в честь Архистратига Михаила (престольные праздники 21 ноября и 19 сентября) и придельный - во имя святого благоверного князя Александра Невского (престольные праздники 12 сентября и 6 декабря). В храме сохранились частицы старинных икон, включая образ пророка Илии из первоначального деревянного храма.
