Земельный участок для обители был пожертвован помещиком Александром Платоновичем Платоновым и его дочерью Натальей Александровной.Строительство монастыря началось под руководством монахини Аполлонии, которая впоследствии стала первой настоятельницей.В 1899 году скит получил статус самостоятельного монастыря и был переименован в Пятогорский Богородицкий женский монастырь.
Архитектурный ансамбль монастыря включал несколько храмов и вспомогательных построек. Церковь Тихвинской иконы Божией Матери была построена в 1894–1895 годах по проекту архитектора Сергея Васильевича Садовникова. Храм имел три престола: главный — в честь Тихвинской иконы Божией Матери, правый — во имя Архангела Михаила, левый — во имя Всех Святых. В 1895 году была освящена церковь иконы Божией Матери «Утоли моя печали», также спроектированная Садовниковым. В 1906 году к монастырской больнице была пристроена каменная церковь во имя святого великомученика Пантелеимона. Монастырь также имел иконописную и золотошвейную мастерские, конюшню и хозяйственные постройки.
К 1917 году в монастыре проживало 48 монахинь и 184 послушницы. В 1929 году монастырь был закрыт, его здания использовались под различные нужды, включая размещение совхоза. В последующие десятилетия большинство построек пришло в упадок или было разрушено.
В 1990-х годах началось возрождение монастыря. С 2010-х годов усилиями монахини Феофании и её сподвижниц проводятся восстановительные работы. Были отреставрированы храм во имя великомученика Пантелеимона и колокольня, восстановлена монастырская стена, разбит сад, построена конюшня и проведена газификация. На территории монастыря планируется создание центра для людей с ментальными особенностями.
