Село Кузьминское впервые упоминается в исторических документах в Коломенской писцовой книге 1577–1578 годов как сельцо Кузьминское Скульневского стана Коломенского уезда, находившееся во владении князя Фёдора Ивановича Пожарского, деда Дмитрия Пожарского. В 1664 году село было приобретено Степаном Петровичем Наумовым, который начал обустраивать здесь своё родовое имение.
Между 1669 и 1678 годами в селе была возведена каменная церковь в честь иконы Божией Матери «Знамение». Строительство храма осуществлялось на средства Степана Петровича Наумова, что подчёркивает его роль как ключевой фигуры в истории храма.
Архитектурно храм представляет собой двусветный пятиглавый четверик с трёхчастной апсидой. Особенностью здания является двухъярусная колокольня, не выделенная в отдельный объём, с шатровым завершением и глухими декоративными слухами, крытыми жестью. Фасады украшены стройными ярусами кокошников, резными порталами, обрамлениями окон и наборными карнизами, что придаёт храму величественный и нарядный облик.
В переписных книгах 1705–1706 годов церковь упоминается как Казанская, однако в экономических примечаниях к генеральному межеванию 1766–1781 годов она значится уже как Знаменская с приделом во имя святых Космы и Дамиана. Эти престолы сохранились до настоящего времени.
После смерти Степана Петровича Наумова в 1700 году, который был похоронен в построенной им церкви, село перешло к его сыну, майору Григорию Михайловичу Наумову. Впоследствии владельцами села были представители рода Наумовых, включая прапорщика гвардии Алексея Григорьевича Наумова и полковника Александра Алексеевича Наумова. Последний в 1810 году заложил имение в Московский опекунский совет, а год спустя село выкупили его сёстры — Елизавета, Софья и Наталья Александровны.
В церковной ограде находится памятник из чёрного гранита, установленный в честь Дмитрия Алексеевича Наумова (1830–1895), последнего представителя семьи Наумовых, занимавшего должность первого председателя губернской земской управы в 1865–1893 годах.
В советский период храм пережил сложные времена. В 1935–1936 годах с него были сняты колокола, а в 1937 году храм был закрыт, его настоятель, протоиерей Александр Парусников, был репрессирован и расстрелян. Однако в период перестройки, зимой 1989 года, богослужения в храме были возобновлены, и он вновь стал действующим.
