В 1620 году царь Михаил Фёдорович пожаловал пустошь Губайлово Семёну Волынскому за верную службу. В конце XVII века его потомок, боярин Иван Фёдорович Волынский, основал здесь усадьбу и в 1684–1685 годах построил кирпичную церковь в честь иконы Божией Матери «Знамение». Этот храм стал духовным центром усадьбы и дал ей второе название – Знаменское.
Архитектура первоначального храма представляла собой ярусную кирпичную церковь с небольшой трапезной и колокольней. В 1905 году, при фабриканте А. Я. Полякове, храм был заново перестроен в псевдорусском стиле, что придало ему новый облик.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики, церковь была закрыта, а здание лишилось завершений. Восстановительные работы начались в 1995 году под руководством Л. А. Беловой и завершились в 1998 году, вернув храму его исторический облик.
В 1910 году рядом с храмом была построена кирпичная часовня-усыпальница А. Я. и А. И. Поляковых в стиле модерн. Архитекторами выступили И. Е. Бондаренко и В. Владимиров, а украшением часовни стала полихромная керамика как снаружи, так и внутри.
После восстановления в 1998 году Знаменский храм вновь стал действующим и начал активно участвовать в жизни православной общины Красногорска. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, а также молодёжное объединение. Регулярно проводятся богослужения и образовательные мероприятия.
