Село Домнино известно как вотчина Ксении Ивановны Шестовой, в монашестве Марфы, матери первого царя из дома Романовых Михаила Феодоровича. В конце 1612 года домнинский крестьянин Иван Сусанин совершил здесь свой подвиг. По некоторым данным, его останки были погребены в подклете деревянного Воскресенского храма, стоявшего на этом месте.
В 1810–1817 годах рядом с обветшавшим Воскресенским храмом, на месте дома инокини Марфы, возвели каменную Успенскую церковь с приделами во имя святителя Николая и в честь Тихвинской иконы Божией Матери. Приделы были пристроены в 1827 году. Деревянный Воскресенский храм разобрали в 1831 году.
В 1879 году в Костроме было создано Александровское православное братство, занимавшееся благотворительностью и просвещением в местах, связанных с историей дома Романовых. В 1893 году братство построило в Домнино двухэтажное каменное здание церковно-приходской школы, а в 1913 году воздвигло часовню на родине Ивана Сусанина в деревне Деревеньки.
В XX веке Успенский храм продолжал действовать, за исключением периода с 1937 по 1944 год, когда он был закрыт. Осенью 1937 года здание использовалось как склад зерна. В 1943 году храм был возвращен верующим. С 1991 года он стал подворьем Богоявленско-Анастасииного женского монастыря.
25 марта 2004 года Священный Синод Русской Православной Церкви учредил в Домнино женский монастырь во имя святых Царственных страстотерпцев. К обители приписана часовня в деревне Деревеньки. В 2005 году завершилась реставрация Успенского храма.