В конце 1990-х — начале 2000-х годов в посёлке Чистые Боры возникла необходимость в создании православного прихода для обеспечения духовного окормления местных жителей. В этот период было принято решение о переоборудовании одного из зданий советской постройки под храм. Здание, расположенное по адресу бульвар Строителей, 3, было адаптировано для проведения богослужений и освящено в честь святой преподобномученицы Елисаветы Феодоровны. Данный храм стал первым в посёлке и служил центром православной жизни на протяжении нескольких десятилетий.
Со временем возникла потребность в строительстве нового, более просторного храма, соответствующего современным требованиям и увеличивающемуся числу прихожан. В период между 2018 и 2020 годами, на территории областного реабилитационного центра для детей и подростков "Лесная сказка", был возведён новый храм во имя святой Елисаветы Феодоровны. 11 июля 2020 года митрополит Костромской и Нерехтский Ферапонт совершил чин Великого освящения нового храма, после чего была проведена первая Божественная литургия. В церемонии освящения приняли участие представители духовенства и местной администрации.
Архитектурно новый храм представляет собой современное здание, сочетающее традиционные элементы православного храмового зодчества с современными строительными технологиями. Основной объём храма увенчан куполом с крестом, фасады оформлены в светлых тонах, что придаёт сооружению торжественный и одновременно гармоничный вид, соответствующий окружающему ландшафту.