Вознесенский приход в селе Кочергино Енисейской губернии был учреждён в 1857 году. В состав прихода вошли жители окрестных деревень: Шошино, Мурино, Таскино, Жерлык и Белый Яр. В том же году началось строительство деревянной однопрестольной церкви на каменном цоколе, освящённой 8 января 1863 года во имя Вознесения Господня. Храм возводился по традиционной схеме с трёхчастной планировкой: алтарь, основное помещение и трапезная.
В 1896 году прихожане обратились в Енисейское духовное правление с прошением о строительстве каменного храма взамен обветшавшего деревянного. Закладка нового здания состоялась в 1900 году. Строительные работы велись с перерывами: после возведения стен до карнизов в 1901 году последовал перерыв до 1905 года. Кирпич изготавливался местными жителями в специально построенных сараях. Каменные работы выполнял мастер Н. Гора, кровельные - плотник М. Дербин. Освящение храма состоялось в 1908 году после установки иконостаса.
В 1886 году при храме открылась церковно-приходская школа, преобразованная в 1900 году в двухклассную. В 1907 году в ней обучалось 53 ученика. К 1913 году вокруг церкви завершилось строительство ограды на каменном основании.
В 1930-е годы храм был закрыт, купола и кресты демонтированы, здание использовалось как зернохранилище. Последний настоятель храма был арестован и сослан. В 1980-х годах предпринимались попытки реставрации, ограничившиеся возведением лесов.
Возрождение обители началось 5 июля 2002 года, когда в село прибыли первые насельницы из Красноярского Благовещенского монастыря. В 2003 году Священный Синод официально учредил женский монастырь. К 2006 году завершилась реставрация Вознесенского храма, 1 июня состоялось его освящение. В последующие годы на территории монастыря были построены келейный корпус, паломническая гостиница и хозяйственные помещения.