Обитель была основана в начале XXI века и стала первым монастырём в городе, а также первым в мире, посвящённым иконе Божией Матери «Всецарица».
Инициатива создания монастыря принадлежала краснодарской православной семье: хирургу-онкологу, Заслуженному врачу России Юрию Евгеньевичу Дудику и его матери Нине Яковлевне Кузьминой, которая впоследствии приняла монашеский постриг с именем Неонилла. Строительство обители началось в 2001 году на участке, прилегающем к Краснодарскому краевому онкологическому диспансеру, с целью оказания духовной поддержки онкологическим больным. 12 января 2001 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил молебен и установил крест на месте будущего храма. В феврале того же года была заложена историческая плита. К марту 2002 года строительство храма было завершено, и весной 2003 года он был освящён. В апреле 2003 года был создан приход храма во имя иконы Божией Матери «Всецарица», а 16 июля 2005 года приход был преобразован в женский монастырь.
Архитектурный ансамбль монастыря выполнен в русско-византийском стиле XV века по проекту заслуженного архитектора России Вячеслава Николаевича Ижикова. Главный храм обители посвящён иконе Божией Матери «Всецарица» и имеет нижний придел в честь равноапостольной Нины, просветительницы Грузии. Рядом с храмом расположена часовня-крестильня в честь апостола Иоанна Богослова, также выполненная в русско-византийском стиле. Часовня украшена флорентийскими мозаичными иконами из натуральных камней. На территории монастыря также находятся административно-келейный корпус, монастырская лавка, пруд с каменистой горкой и водопадом, живой уголок и цветники. Постройки окружены монастырской стеной.
Среди святынь монастыря — образ Божией Матери «Всецарица», точный список с древнего оригинала в Ватопедском монастыре на Афоне, написанный в мае 2005 года иконописцем Валерием Александровичем Поляковым. Также в обители находятся ковчег-мощевик с частицами мощей 35 святых угодников Божиих, три иконы с частицами мощей и частица Мамврийского дуба.
В 2005 году было основано подворье монастыря на берегу реки Ставок в Динском районе Краснодарского края, близ станицы Пластуновской. Архитектурный комплекс подворья создан также по проектам Вячеслава Ижикова в древнерусском и византийском архитектурном стиле. На подворье имеется источник в честь Тихвинской иконы Божией Матери с купелью, воссоздано подобие мировой святыни — Гефсиманский сад на Кубани. Основные направления сельского хозяйства подворья включают садоводство, огородничество, декоративное цветоводство и пчеловодство. На территории подворья создаётся православная клиника.
Богослужения в монастыре совершаются ежедневно по монастырскому уставу. В числе сестринских послушаний — обучение иконописному делу. Сёстры выполняют послушания как в обители в городе Краснодаре, так и на монастырском подворье. Основное послушание сестер — молитвенное.