Согласно историческим документам, в 1545 году в Духовной грамоте Матвея Ивановича Левашова упоминаются денежные вклады на строительство церкви Воскресения Христова. Однако существующие сведения указывают на то, что каменный Воскресенский храм в Ямской слободе города Клин был построен в 1712 году на средства местных жителей. Храм был выстроен в стиле московского барокко и имел форму квадратной палаты с шатровым верхом.
В 1802 году, учитывая растущую численность прихожан, было принято решение о строительстве нового Троицкого собора. К этому времени Воскресенская церковь пришла в запустение и частично разрушилась. В 1885 году храм пострадал от пожара, но был обновлен в 1892–1895 годах. В результате этих работ Воскресенская церковь вошла в состав Троицкого соборного комплекса, сформировавшегося к середине XIX века.
На территории погоста, где расположен храм, были похоронены жители Клина, убитые опричниками во время похода Ивана Грозного на Новгород в 1569 году. Опричники разорили и сожгли город, грабили имущество и убивали жителей.
В советский период церковь была закрыта и использовалась для различных хозяйственных нужд. В 1930-е годы Воскресенский храм и окружающие здания были отобраны у Русской Православной Церкви и перестроены. Здание использовалось как склад иконостасов, икон и церковной утвари, а также как место хранения удобрений, что привело к утрате фресок. В годы советской власти церковь была разграблена, колокола сброшены с колокольни и увезены в неизвестном направлении.
С 1996 года началась поэтапная передача церковных строений верующим. Сначала передали колокольню, затем алтарную часть храма. 8 апреля 2000 года храм Воскресения Христова был полностью передан Русской Православной Церкви. В августе 2000 года митрополит Ювеналий благословил работы по восстановлению храма. К 2012 году, когда храму исполнилось 300 лет, основные объемы были восстановлены.
Архитектурно храм представляет собой типичное для московского барокко сооружение. Основной объем — двусветный четверик — перекрыт восьмигранным куполом на тромпах. Апсида и западный притвор имеют сомкнутые своды с распалубками. Над притвором возвышается высокая колокольня.