Первые упоминания о селе Троицкое, также известном как Сельцы, относятся к 1585 году, когда в писцовых книгах зафиксировано наличие церкви Святой Троицы. В 1624 году село числилось вотчиной Святейшего Патриарха Филарета Никитича и описывалось следующим образом: «...село Троицкое, а Сельцы тож, на речке Уче, а в нём церковь Живоначальные Троицы древян клетцки, а в ней образы, и свечи, и книги, и на колокольнице колоколы...». Церковь и строения церковного причта располагались на патриаршей земле.
Согласно исследованиям доктора исторических наук, археолога Алевтины Алексеевны Юшко, одним из старинных митрополичьих владений в окрестностях Москвы с XIV века была волость Сельца и Качалка. Она включала земли, принадлежавшие митрополичьим слугам. В XIV веке территория волости была больше, чем в XV веке, когда здесь уже появились боярские владения. В Сельцах находился двор, окружённый служебными постройками; здесь делали остановку во время выездов патриархи Русской Православной Церкви.
В 1644 году в селе была построена новая деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы. Документы за 1650 год указывают на пожертвования для её придела во имя святителя Леонтия Ростовского: «...напрестольного креста, пробоев к царским вратам и северным дверям, двух губок греческих и масла лампадного».
В 1686 году была возведена новая церковь во имя Святой Троицы. 8 ноября для новопостроенной церкви были приобретены «двери царские с столбцами и с сенью и с короною» и одиннадцать икон для деисуса. 9 ноября церковь освятил Святейший Патриарх Иоаким, который по окончании Божественной литургии пожаловал священнику Иулиану с причетниками на молебен полтину.
В начале XVIII века священник Троицкой церкви Иван Фёдоров задумал построить новую церковь взамен обветшавшей. 21 сентября 1711 года он написал прошение, в котором описал состояние старого храма. В 1716 году тот же священник с «приходскими людьми» вновь обратился в Патриарший Приказ с просьбой о помощи в транспортировке купленной на Москве деревянной церкви, так как собственных сил крестьян села Троицкого-Селец было недостаточно.
В 1843 году по причине ветхости деревянная церковь была разобрана, а на её месте образовался пруд, сохранившийся до наших дней. Кладбище, существовавшее вокруг церкви в XVI—XVIII веках, к 2015 году было застроено сельскими домами и постройками; владельцы при рытье колодцев обнаруживали останки древних захоронений. Ныне существующая каменная церковь в стиле ампир была заложена 10 января 1822 года и построена с 1843 по 1849 годы.
В 1930-е годы церковь была закрыта и подверглась разорению. Во время Великой Отечественной войны немецкая артиллерия повредила колокольню. После войны в церкви располагалось «товарищество по изготовлению изделий из пластмассы», для чего в храме установили около десятка многотонных станков и цистерны для слива масла. Крыша никогда не ремонтировалась, что нанесло значительный ущерб зданию.
В 1993 году полуразрушенный и осквернённый храм был передан верующим. Постепенно формировалась община, появились первые прихожане, и начались работы по восстановлению храма.
Сегодня Троицкий храм в деревне Троице-Сельцо является действующим православным приходом, где регулярно проводятся богослужения и церковные обряды. Храм играет важную роль в жизни местных жителей, являясь не только религиозным, но и культурным центром деревни.
