Первое упоминание о селе Марфино относится к 1585 году, когда оно принадлежало дьяку Семёну Заборовскому. В 1698 году село перешло во владение князя Бориса Алексеевича Голицына, который переименовал его в Богородское. В период с 1701 по 1707 годы по его заказу был построен каменный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Строительство велось под руководством крепостного архитектора Владимира Ивановича Белозёрова. Однако, по преданию, князь остался недоволен некоторыми архитектурными решениями зодчего, что привело к его наказанию и смерти в 1708 году.
Архитектурно храм представляет собой центрическое крестчатое в плане здание, увенчанное широким световым барабаном с куполом и небольшой главкой. В оформлении сочетаются элементы голицынского варианта московского барокко и петровского барокко. Выступы-притворы с двухскатными крышами завершены фронтонами, фасады украшены коринфскими пилястрами с резными белокаменными капителями, а окна декорированы строгими белокаменными наличниками. В интерьере храма выделяются четыре массивных пилона, поддерживающие световой барабан. Орнаментальная роспись сводов и арок была выполнена в 1840-х годах.
После смерти князя Голицына в 1714 году усадьба несколько раз меняла владельцев. В середине XVIII века она принадлежала фельдмаршалу Петру Семёновичу Салтыкову, который значительно расширил и благоустроил её территорию. В этот период вокруг храма был разбит парк с беседками, прудами и другими архитектурными сооружениями.
В 1770-х годах на территории усадьбы была построена зимняя церковь святых Петра и Павла в стиле классицизма. Она представляет собой небольшое здание ротондального типа с куполом и световым барабаном, в котором размещались колокола. Белокаменный декор церкви, созданный по проекту архитектора М.Д. Быковского, несёт в себе черты ренессанса.
В XIX веке усадьба продолжала развиваться. При графе Викторе Никитиче Панине в 1830-х годах была проведена реконструкция усадебного комплекса в стиле неоготики по проекту архитектора М.Д. Быковского. Однако храм Рождества Богородицы сохранил свой первоначальный барочный облик, несмотря на изменения в окружении.
После революции 1917 года и установления советской власти усадьба Марфино, включая храмы, подверглась национализации. Многие архитектурные элементы были утрачены или повреждены. Однако благодаря исторической и культурной значимости комплекса, в последующие годы были предприняты усилия по его сохранению и реставрации.
