Монастырь был основан в 1691 году по инициативе Патриарха Московского и всея Руси Адриана, ранее занимавшего должность митрополита Казанского и Свияжского. Основание обители было связано с эпидемией «горячки», охватившей Казань в 1685 году. Митрополит Адриан дал обет основать монастырь в честь Девяти мучеников Кизических, чьи мощи, по преданию, обладали целебными свойствами. После прекращения эпидемии, в благодарность за избавление города, было начато строительство монастыря.
Первоначально на территории монастыря были возведены Введенский собор и церковь во имя святого равноапостольного князя Владимира. Введенский собор был разрушен в советский период, тогда как Владимирская церковь сохранилась до наших дней. Архитектурный ансамбль монастыря включал также братский корпус, ограду с башнями и хозяйственные постройки.
В XVIII веке монастырь стал местом летней резиденции казанских архиереев. В 1764 году, в результате секуляризационной реформы, монастырь получил статус третьеклассного и был переведен на штатное содержание. В XIX веке при монастыре действовали церковно-приходская школа и приют для детей черемис (марийцев).
После революции 1917 года монастырь был закрыт, а его здания использовались под различные хозяйственные нужды. В советский период значительная часть монастырских построек была утрачена, включая Введенский собор. В 2001 году начался процесс возвращения монастыря Русской Православной Церкви и его постепенное восстановление.
