Свято-Троицкий женский монастырь в селе Красный Ключ ведет свою историю от Бирского Свято-Троицкого женского монастыря, основанного в 1857 году как женская община девицей Акулиной Самойловой, впоследствии принявшей монашеский постриг с именем Виталия. Указом Святейшего Синода от 25 сентября 1878 года община была преобразована в монастырь. К началу XX века обитель стала одной из крупнейших в Уфимской губернии и на Урале.
В 1917 году в монастыре проживали 116 монахинь и 208 послушниц, а также дети-беженцы, ученицы монастырской школы и другие лица. После революции монастырь был закрыт в 1919 году, а в 1924 году окончательно упразднен. Монашеская община сохранилась в виде нелегального объединения, многие насельницы подверглись репрессиям в 1930-х годах.
Возрождение монашеской жизни началось 26 апреля 2013 года, когда в Михайло-Архангельском храме Бирска был совершен постриг двух сестер. Решением Священного Синода от 25-26 декабря 2013 года монастырь был официально восстановлен в Бирске. 3 января 2014 года состоялось возведение первой настоятельницы возрожденной обители в сан игумении.
13 апреля 2021 года Священный Синод постановил перенести монастырь в село Красный Ключ Нуримановского района с переименованием по месту нахождения. В новом месте обитель разместилась при храме Святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла. Монастырь продолжает традиции дореволюционной Бирской обители, сохраняя преемственность монашеской жизни.