Согласно доступным данным, храм был построен в 1914 году.
В советский период храм был закрыт, и его здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате его первоначального облика.
В 2000 году начался процесс восстановления храма. 26 августа 2011 года была официально зарегистрирована местная религиозная организация — Православный Приход Храма Рождества Христова села Ахлыстино Кушнаренковского района Республики Башкортостан, относящаяся к Салаватской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).