Свято-Троицкий мужской монастырь в Алатыре основан в 1584 году при царе Иоанне IV. Первоначально все постройки монастыря, включая храмы и колокольню, были деревянными. В 1615 году монастырь был приписан к Троице-Сергиевой лавре из-за тяжелого экономического положения.
В 1748 году по указу Троице-Сергиевой лавры началось строительство первого каменного храма во имя Живоначальной Троицы, завершенное в 1753 году. Нижний этаж храма оставался неосвященным до 1767 года, когда там была устроена теплая церковь в честь Богоявления Господня. В 1801 году Богоявленская церковь упразднена, а на ее месте сооружена отдельная каменная церковь преподобного Сергия Радонежского.
В 1805-1808 годах проведена перестройка Троицкого храма и сооружена трехъярусная колокольня высотой 55,5 метров. В 1814 году в храме устроен придел во имя святого Дмитрия Ростовского. В 1848-1849 годах над могилой схимонаха Вассиана сооружен придел в честь Казанской иконы Божией Матери.
4 июля 1906 года пожар уничтожил практически все монастырские постройки, за исключением пещерной церкви. К 1911 году монастырский комплекс был восстановлен. В 1920 году монастырь закрыт, помещения использовались для промышленных предприятий. Братия монастыря подверглась репрессиям.
В марте 1995 года монастырь возвращен Русской Православной Церкви. Началось восстановление храмового комплекса. Были воссозданы Троицкий собор, храмы Покрова Пресвятой Богородицы, Казанской иконы Божией Матери, преподобного Сергия Радонежского, преподобного Серафима Саровского, апостола Варнавы и преподобного Вассиана в новой колокольне.
Монастырю принадлежит подворье - Рождественский скит в 15 км от Алатыря, где построены храмы Рождества Христова и Иверской иконы Божией Матери. На подворье ведется сельскохозяйственная деятельность на площади более 400 гектаров.