Киево-Николаевский Новодевичий женский монастырь в городе Алатырь основан в 1639 году. Первоначальное название обители — Покровский Ладинский-Подгорский Новодевичий монастырь — связано с его расположением на территории Речи Посполитой, близ украинского Прилуцка. В 1638 году монахини, включая игумению Елисавету (Летинскую) и 52 насельницы, бежали от гонений католической знати и прибыли в Россию, где по указу царя Михаила Фёдоровича были направлены в Алатырь. Название «Киево-Николаевский» закрепилось из-за киевского происхождения части сестёр, а определение «Новодевичий» — для отличия от существовавшего в городе Старо-Николаевского монастыря.
В 1671 году монастырь был сожжён во время восстания Степана Разина, но восстановлен к 1673 году. В 1690 году пожар уничтожил постройки вновь, после чего из соседнего Троицкого монастыря была перенесена деревянная Троицкая церковь. К XVIII веку обитель обладала тремя каменными храмами: Вознесенским (1753), Покровским (1767) и надвратной Никольской церковью (1737). Среди святынь выделялись иконы святителя Николая Чудотворца и Казанской Божией Матери, пожертвованные царём Михаилом Фёдоровичем, а также Нерукотворный Образ Спасителя, принесённый из Ладинского монастыря.
В 1764 году монастырь получил статус необщежительного третьеклассного. Императрица Екатерина II посетила обитель в 1767 году, пожаловав напрестольное Евангелие в серебряном окладе. Императоры Павел I и Александр I передали монастырю земельные угодья. К концу XIX века в обители числились 31 монахиня и 237 послушниц, ей принадлежали 226 десятин земли и мельница.
Монастырь закрыт в 1919 году. Возрождение началось в 1993 году после передачи Русской Православной Церкви. К 2000 году восстановлены Вознесенский и Покровский храмы, а также построена новая Никольская надвратная церковь.