В 1684 году князь Иван Борисович Репнин, владелец усадьбы Котово, инициировал строительство каменного храма в честь Спаса Нерукотворного Образа на месте прежней деревянной церкви. Новая церковь включала северный придел и обходную галерею.
В 1730-х годах имение Спасское-Котово перешло к князьям Юсуповым. При Борисе Григорьевиче Юсупове в северном приделе, ранее использовавшемся как ризница, был устроен престол и жертвенник, а также установлен иконостас. В июле 1755 года этот придел, посвящённый Владимирской иконе Богородицы, был освящён протопопом Большого Успенского собора.
Со второй половины XVIII века Спасская церковь стала родовой усыпальницей Юсуповых. В 1772 году здесь была похоронена дочь Бориса Григорьевича, Анна Борисовна Протасова, для чего под полом Владимирского придела был устроен склеп. В 1788 году рядом с дочерью была погребена её мать, Ирина Михайловна Юсупова (Зиновьева). Эти захоронения отмечены чугунными надгробными плитами.
В 1820 году в северо-западном углу четверика храма в склепе под полом была похоронена Параскева Павловна Юсупова, невестка Николая Борисовича Юсупова. Сам Николай Борисович, скончавшийся в 1831 году, был похоронен за алтарём Владимирского придела. В 1832 году его сын, Борис Николаевич Юсупов, возвёл над могилой отца часовню-усыпальницу. Борис Николаевич умер в 1849 году и был похоронен рядом с супругой в склепе четверика.
До 1850-х годов Спасская церковь имела только один придел — Владимирской иконы. В 1850 году при Николае Борисовиче Юсупове был разработан проект южного придела в честь святителя Николая Чудотворца. Новый придел, освящённый в 1853 году, значительно расширил пространство храма.
В 1859 году Юсуповы устроили при храме богадельню во имя святой мученицы Татианы, а в 1863 году была основана церковно-приходская школа. В начале XX века стены храма были украшены росписями. К этому времени имение начало приходить в запустение. Последним владельцем села Спасское-Котово был князь Феликс Феликсович Юсупов.
В 1934 году, в период советской власти, храм был закрыт. Здание подверглось разграблению и частичному разрушению: были уничтожены колокольня от яруса звона, купола и оконные украшения. Расположение окон и дверей было изменено. На месте усыпальницы была размещена угольная котельная. В разные годы помещения церкви использовались под спичечную и пуговичную фабрики, мыловаренную мастерскую и областную типографию.
С 1991 года усилиями верующих началось восстановление храма, несмотря на продолжающуюся деятельность типографии на его территории. 8 сентября 1991 года, в праздник Владимирской иконы Божией Матери, состоялось первое богослужение после 60 лет запустения, проведённое в Никольском приделе. Постепенно храм с пристройками и территорией был полностью передан общине.
К 1996 году были установлены накупольные кресты, а 8 сентября того же года восстановлена звонница. 31 мая 1998 года архиепископ Можайский Григорий совершил чин освящения центральной части Спасского храма. 6 мая 2001 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий освятил Никольский придел.
В настоящее время в Спасском храме ежедневно совершаются богослужения. При храме действуют епархиальные библейско-богословские курсы и воскресная школа. Община храма активно участвует в городских мероприятиях и проводит встречи с представителями общественности и образования.
