В 1996 году, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, был образован приход храма Преображения Господня в Долгопрудном. Это решение было обусловлено потребностью верующих города в месте для совершения богослужений и проведения религиозных обрядов. В 1999 году администрация города выделила приходу земельный участок в центре Долгопрудного для строительства храма. На этом участке первоначально была возведена деревянная церковь в честь иконы Божией Матери «Спорительница Хлебов». Первая Божественная литургия в этом храме состоялась 19 августа 1999 года, в праздник Преображения Господня.
В конце 2001 года началось строительство каменного здания Преображенского храма. Проект храма основывался на традициях новгородского зодчества XI–XII веков, что отразилось в архитектурных решениях и внешнем облике здания. 6 сентября 2002 года архиепископ Можайский Григорий совершил чин закладки первого камня в основание нового храма, что ознаменовало официальный старт строительства.
К январю 2005 года были завершены основные строительные работы на первом этаже храма, где был устроен придел во имя преподобномучениц великой княгини Елисаветы и инокини Варвары. 7 января 2005 года в этом приделе состоялась первая Божественная литургия, после чего начались регулярные богослужения. К 7 января 2006 года внешний архитектурный ансамбль храма был полностью завершён, и с этого времени богослужения стали проводиться в верхнем храме Преображения Господня. 19 августа 2006 года, в праздник Преображения Господня, архиепископ Можайский Григорий совершил великое освящение храма, что стало важной вехой в истории прихода.
Архитектурно Преображенский храм представляет собой двухэтажное кирпичное здание, стилизованное под формы новгородско-псковского зодчества. Храм имеет кубическую форму, является четырёхстолпной одноглавой постройкой с подклетом и увенчан шлемовидным куполом. Такие архитектурные решения подчёркивают связь с традициями древнерусского храмового строительства и придают зданию особую выразительность.
В 2008 году, в престольный праздник Преображения Господня, благочинный церквей Долгопрудненско-Химкинского округа игумен Владимир (Денисов) передал в дар храму частицу мощей святой великомученицы Анастасии Узорешительницы.
В настоящее время при приходе действует воскресная школа для детей и подростков разных возрастных групп, где преподаются дисциплины: хор, рисование, Закон Божий, история святости и церковнославянский язык. Также при храме имеется библиотека, что способствует духовному просвещению и укреплению православных традиций среди горожан.