Точные даты его основания вызывают дискуссии среди исследователей: некоторые источники указывают на конец XIII — начало XIV века, другие — на конец XIV века. Предположительно, обитель была основана при великом князе Олеге Ивановиче Рязанском.
Первое документальное упоминание о монастыре датируется 1467 годом, когда великий князь Иван Васильевич Рязанский пожаловал обители значительные земельные владения. В 1501 году князь Фёдор Васильевич передал монастырю село Гавриловское.
В 1522 году в Рязани была установлена традиция начинать утренний благовест с колокольни Спасского собора монастыря, что подчёркивало его центральное положение в духовной жизни города. Настоятели обители изначально носили сан архимандритов, а не игуменов, что также свидетельствовало о высоком статусе монастыря.
В 1647 году сильный пожар уничтожил большинство деревянных построек монастыря. После этого началось возведение каменных сооружений. Богоявленская церковь с двумя приделами — Покровским и во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова — была построена в этот период. В одной связи с храмом были возведены трапезная и шатровая колокольня.
В 1702 году был построен Преображенский собор на средства купца Михаила Фёдоровича Немчинова. Собор является одноглавым и бесстолпным, перекрыт сводом с пролётом в 13 метров, что для того времени было значительным инженерным достижением. Внутри собора находится пятиярусный иконостас.
В 1757 году епископ Рязанский своим указом определил монастырь в первостепенные, и с этого времени в монастыре появились наместники. Со второй половины XVIII века архимандриты Спасского монастыря стали возглавлять епархиальную семинарию, что повышало престиж как монастыря, так и духовного учебного заведения.
В 1922 году имущество монастыря было изъято, а в 1935 году его здания переданы Рязанскому музею. Настоятельский и братский корпуса были приспособлены под коммунальные квартиры, а в Богоявленской церкви разместили архив ЗАГСа.
