Первое упоминание о монастыре на Малышевой горе, где ныне расположена церковь Рождества Иоанна Предтечи, встречается в летописи 1276 года. Первоначальные постройки обители, включая деревянный храм, не сохранились. В 1604 году царь Борис Годунов пожертвовал монастырю два колокола, на одном из которых была отлита надпись: «Ладоге — оплоту государства моего».
В 1695 году на месте обветшавших деревянных церквей был возведен каменный храм Рождества Иоанна Предтечи с приделом святой Параскевы Пятницы. Это первое каменное сооружение монастыря, выполненное в традициях ярославского зодчества. Храм представляет собой четырехстолпный пятиглавый четверик с семигранной апсидой, трапезной и восьмигранной колокольней.
В 1764 году Иоанно-Предтеченский монастырь был упразднен, а храм стал приходским. В XIX веке под Малышевой горой велась добыча кварцевого песка, что привело к образованию подземных пустот и угрозе разрушения церкви. В ходе реставрации XX века пустоты были заполнены бетоном.
В 1920-х годах храм был закрыт. Богослужения возобновились в 1991 году после завершения реставрационных работ. В этот период были воссозданы иконостасы, выполнены новые росписи трапезной, установлены кованые подсвечники. Церковь была приписана к Староладожскому Никольскому мужскому монастырю.
В храме сохранились фрагменты подкупольных росписей XIX века. В притворе находится захоронение блаженного Александра Лосева, погребенного здесь в 1848 году. У подножия Малышевой горы расположен святой источник Параскевы Пятницы, известный с IX века.
