Село Софрино, ранее известное как Супонево, в XVI веке перешло во владение купца Ивана Сафарина, от фамилии которого произошло новое название — Сафарино. В конце 1680-х годов село было пожаловано боярину Фёдору Петровичу Салтыкову, который стремился подчеркнуть своё высокое положение при дворе. В период с 1691 по 1694 годы на правом берегу реки Талицы Салтыков выстроил двухэтажные палаты, к которым с восточной стороны примыкал домовый храм в честь Смоленской иконы Божией Матери. Вокруг усадьбы был разбит регулярный парк, посажен фруктовый сад и вырыт пруд.
Архитектура храма выполнена в стиле московского барокко с центрической композицией. Кирпичное здание стоит на высоком подклетном этаже и имеет ярусную структуру: на четверике размещены четыре убывающих по размерам восьмерика. Два из них являются световыми и открываются в интерьер храма, третий служит звонницей, а последний — барабаном под главку. Декор включает полуколонки, треугольные фронтоны, профилированные карнизы и оконные наличники. Парапеты треугольной формы первого и третьего восьмериков завершаются шарами, а второго — пинаклями. В ходе реставрации были восстановлены форма купола и рисунок покрытия в виде чешуи, а крест храма повторяет форму креста церкви Николая Чудотворца на Пупышах.
В XVIII веке усадьба Сафарино неоднократно принимала царственных особ, направлявшихся в Троице-Сергиеву лавру. В знак этого на кресте купола храма была помещена небольшая корона. Последней владелицей усадьбы была графиня Варвара Николаевна Ягужинская, которая в 1833 году освободила крестьян от крепостной зависимости, передав им в пользование свои земли. Её могила сохранилась в подклете Смоленской церкви.
После революции 1917 года храм, как и многие другие, был закрыт. Здание использовалось под различные хозяйственные нужды, что привело к его запустению. Некоторые предметы утвари, иконы и царские врата XVI века были переданы в музей «Коломенское», где хранятся до сих пор.
В 1970-е годы под руководством И.В. Ильенко была проведена реставрация храма, а в 1990-е годы богослужения были возобновлены. В настоящее время в приделе святителя Николая восстановлен исторически точный иконостас, а в Смоленском приделе продолжаются работы по реставрации фресковой росписи стен.
