В конце XVII века село Бородино принадлежало братьям Савёловым — окольничему Тимофею Петровичу и его брату Петру Петровичу. В 1698 году Тимофей Савёлов начал строительство каменного храма в честь Рождества Христова. После его смерти в 1699 году строительство продолжил его сын Пётр Тимофеевич, и в 1701 году храм был освящён.
Архитектурно храм выполнен в стиле московского барокко. Он представляет собой двухэтажное кирпичное здание с основным объёмом в виде четверика, переходящего в восьмерик, увенчанного луковичной главой. Нижняя часть храма перекрыта сомкнутыми сводами. К основному объёму примыкает трапезная, заканчивающаяся с запада лестницей, характерной для храмов XVII века. Над верхним рундуком лестницы ниже главы основного объёма устроена колокольня в один ярус. Изначально вдоль южного и северного фасадов шли деревянные открытые галереи-гульбища. Наличники обоих этажей храма богато украшены резьбой; грани восьмерика разделены узорчатыми полуколонками и украшены фризом. Световой барабан под главой основного объёма — неширокий, ориентированный вертикально, что придаёт силуэту храма устремлённость ввысь. Апсиды разделены декоративными балясинами.
В 1798 году село Бородино приобрёл отставной бригадир Василий Денисович Давыдов, соратник Суворова. Здесь прошло детство его сына — героя Отечественной войны 1812 года Дениса Давыдова.
Во время Отечественной войны 1812 года храм оказался в эпицентре боевых действий. 25 августа 1812 года с его колокольни велось наблюдение за передвижением французских войск по Бородинскому полю. В главу храма попало ядро, от чего колокольня сильно пострадала. После сражения захватившие село французы полностью выжгли внутренность храма. Сожжены были также дома жителей Бородина, и по наступлении зимы церковь послужила убежищем для вернувшихся из лесов на пепелище обитателей села.
После войны храм долгое время оставался в разрушенном состоянии. В 1814 году владелицы села — вдова Елизавета Петровна Савёлова и девица Александра Васильевна Давыдова — обратились с прошением приписать их крестьян к приходу в селе Криушино, не надеясь восстановить разрушенный храм. Однако Постановлением Московской Духовной Консистории им было разрешено быть приписанными только до восстановления церкви в Бородино.
В 1839 году, после восстановления, храм был освящён в честь Смоленской иконы Божией Матери. В этот период были обновлены иконостасы, промыты и заправлены древние иконы, иконостас в верхней церкви вызолочен.
В советский период, в 1930-е годы, храм был закрыт и подвергся разрушению. Колокольня и верхние части здания были уничтожены. Однако в 1961 году, в канун 150-летия Отечественной войны 1812 года, по указу правительства РСФСР, поле Бородинского сражения было объявлено музеем-заповедником. Здание храма было восстановлено под руководством архитектора Николая Ивановича Иванова, и в нём разместился филиал Бородинского военно-исторического музея-заповедника.
В 1989 году в нижнем Сергиевском приделе храма прошло первое после долгого перерыва богослужение. С этого времени началось постепенное возрождение храма как действующего православного прихода. Были проведены реставрационные работы, восстановлены утраченные элементы архитектуры и внутреннего убранства. При храме действует воскресная школа, создана библиотека и видеотека. Клирики окормляют больницу и начальную школу в деревне Бородино.
