Спасо-Бородинский женский монастырь был основан в 1839 году на Бородинском поле, близ деревни Семёновское. Основательницей обители стала Маргарита Михайловна Тучкова, вдова генерал-майора Александра Алексеевича Тучкова, погибшего в Бородинском сражении 26 августа 1812 года. В 1818 году по благословению архиепископа Августина (Виноградского) на месте гибели генерала был заложен храм в честь Нерукотворного Образа Спасителя, полковой иконы Ревельского пехотного полка, которым командовал Тучков. Храм освятили в августе 1820 года.
В 1826 году Маргарита Тучкова переселилась в сторожку при храме, посвятив себя молитве и поминовению павших воинов. Вскоре вокруг неё стали селиться вдовы и сироты, образовав к 1833 году общину из сорока человек. По ходатайству митрополита Филарета (Дроздова) община получила официальный статус и 6 марта 1833 года была утверждена как Спасо-Бородинское богоугодное общежительное заведение. 4 июля 1836 года Тучкова приняла рясофорный постриг с именем Мелания, а 3 января 1838 года община была преобразована во второклассный женский монастырь.
28 июня 1840 года инокиня Мелания была пострижена в мантию с именем Мария и возведена в сан игумении. При её руководстве монастырь расширялся: в 1839 году построена каменная ограда с башнями и храм во имя Филарета Милостивого, в 1840 году возведена колокольня. В 1851 году началось строительство Владимирского собора по проекту архитектора Михаила Быковского, завершённое в 1859 году. В 1874 году при трапезной была освящена церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Монастырь был закрыт 26 февраля 1929 года. В советский период помещения использовались как школа, госпиталь и машинно-тракторная станция. Реставрационные работы начались в 1972 году. 8 июля 1992 года монастырь был передан Русской Православной Церкви, и в августе того же года возобновлена монашеская жизнь. Часть зданий остаётся в совместном пользовании с Бородинским музеем-заповедником.