В 1694 году дьяк Степан Яковлевич Ступин приобрёл у вдовы Аксиньи Лукиной вотчину, включавшую деревню Чудиново. В 1697 году он инициировал строительство каменного храма во имя Преображения Господня. 31 августа 1697 года состоялось освящение церкви, что подтверждается записями в приходных книгах Патриаршего казённого приказа.
Архитектурно храм представлял собой небольшое кирпичное здание типа "восьмерик на четверике" со звонницей над западной стеной трапезной. Такая композиция была характерна для московского барокко конца XVII века и подчёркивала стремление к гармонии и величию в церковном зодчестве того времени.
После конфискации имущества Степана Ступина в 1698 году, село Чудиново в 1700 году было передано в вотчину дьяку Автомону Ивановичу Иванову. В последующие годы владельцами села были его потомки и представители рода Свербеевых, начиная с 1780-х годов.
В 1875 году действительный статский советник Александр Дмитриевич Свербеев провёл обновление храма: вызолотил и покрасил иконостас, пожертвовал новые иконы, хоругви и церковные одежды. Эти действия свидетельствуют о заботе прихожан и благотворителей о сохранении и украшении святыни.
В 1907 году священником Василием Петровичем Рождественским в селе была открыта школа грамоты, где обучалось около 10 детей. Школа размещалась в наёмном здании, а сам священник исполнял обязанности заведующего, что подчёркивает роль церкви в просвещении местного населения.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики Советского Союза, храм был полностью разрушен. На месте церкви и прилегающего кладбища не осталось видимых следов прежнего церковного комплекса.
23 декабря 2012 года, по инициативе местных жителей, на месте разрушенного храма был установлен поклонный крест. Это событие стало первым шагом к возрождению духовной жизни в деревне Чудиново.
14 августа 2013 года, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, был возрождён приход Преображенского храма. 19 августа 2013 года, впервые после разрушения храма, у поклонного креста был совершён молебен в честь престольного праздника.
В течение года был построен временный деревянный храм из быстровозводимых конструкций с отдельно стоящей звонницей. 19 августа 2014 года в этом храме состоялась первая Божественная литургия, что ознаменовало возобновление регулярных богослужений.
3 октября 2021 года архиепископ Подольский и Люберецкий Аксий совершил чин закладки восстанавливаемого Преображенского храма. Весной 2022 года начался второй этап восстановления: кладка стен из кирпича, заливка сводов трапезной части и алтаря. К концу лета был завершён первый уровень стен, продолжалась работа над звонницей и центральным четвериком храма.
19 августа 2022 года, на престольный праздник Преображения Господня, в стенах восстанавливаемого храма была совершена первая Божественная литургия, что стало важным этапом в возрождении святыни.
