По данным археологических исследований, на месте нынешнего храма существовало славянское поселение ещё в XII–XIII веках, что позволяет предположить наличие здесь культового сооружения в ранний период христианизации вятичей. Однако достоверные сведения о храме относятся к началу XVII века. В писцовых книгах 1627–1628 годов упоминается деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца в селе Крюково, являвшемся тогда вотчиной московского Андроникова монастыря.
К 1680 году деревянная Никольская церковь обветшала, о чём свидетельствуют дозорные книги того времени. В документе отмечается: «Церковь Николая Чудотворца в селе Крюкове деревянная, ветхая, церковное строение исстари мирское». Это указывает на то, что церковь была построена на средства местных жителей и к тому времени уже нуждалась в обновлении.
В 1722 году в переписных книгах 1-й ревизии Российской империи Никольская церковь вновь значится как деревянная, без упоминания о её ветхости, что позволяет предположить её восстановление или перестройку в период между 1680 и 1722 годами.
В 1837 году настоятель и прихожане Никольской церкви обратились к митрополиту Московскому и Коломенскому Филарету с прошением о строительстве нового каменного храма, поскольку старая деревянная церковь уже не соответствовала потребностям прихода. Прошение было удовлетворено, и святитель Филарет преподал храмозданную грамоту, благословив строительство.
Строительство каменного храма велось с 1838 по 1855 годы. Основными благотворителями выступили местные промышленники — семья Кочетковых, владельцы ситценабивной фабрики. На их средства был возведён храм с тремя престолами: главным — в честь святителя Николая Чудотворца, правым — во имя пророка Илии и левым — в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, что являлось данью памяти о прежней Введенской церкви.
Архитектурно храм выполнен в стиле ампир. Он представляет собой кирпичное однокупольное сооружение с трапезной и многоярусной колокольней. Отличительной чертой является лаконизм и строгость форм, что характерно для данного архитектурного направления. Фасады украшены четырёхколонными дорическими портиками с фронтонами на северном и южном фасадах, подчёркивающими величественность и строгость облика храма.
В начале XX века при храме была построена церковно-приходская школа.
В 1937 году, в период гонений на Русскую православную церковь, храм был закрыт, а его настоятель, священник Пётр Беляев, репрессирован и расстрелян на Бутовском полигоне. После закрытия здание храма использовалось не по назначению и постепенно приходило в упадок. К 1980-м годам оно находилось в заброшенном состоянии и требовало серьёзной реставрации.
В 1992 году храм был возвращён Русской Православной Церкви, после чего начались восстановительные работы. Благодаря усилиям прихожан, местных властей и благотворителей, храм был отреставрирован и вновь открыт для богослужений.
