Первоначально в деревне Батран существовала деревянная церковь во имя пророка Илии, построенная в 1790 году. В 1800 году была возведена деревянная церковь во имя великомученицы Параскевы Пятницы с приделом во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. В 1863 году, по причине ветхости Ильинской церкви, Параскевинский храм был переименован в Ильинский и освящён во имя пророка Илии, а Параскевинский придел уничтожен. В 1885 году была заложена каменная Ильинская церковь, построенная на средства прихожан по проекту академика архитектуры В. Пруссака.
В советский период храм был закрыт в 1937 году, а в 1940 году здание было решено переоборудовать под клуб. В послевоенное время оно использовалось в качестве склада и сельского клуба. К моменту начала восстановления церкви она находилась в разрушенном состоянии: была разобрана колокольня, снесены купола, уничтожено внутреннее и внешнее убранство.
С 1992 года по благословению епископа Вологодского и Великоустюжского Максимилиана акционерное общество «Аммофос» при содействии прихожан осуществило реставрацию церкви, вернув ей первоначальный вид. Освящение храма состоялось в 1997 году. В настоящее время в нём регулярно проводятся богослужения.
