Первоначально монастырь был мужским и включал деревянную церковь Покрова Пресвятой Богородицы. В 1655 году на её месте был возведён каменный собор, ставший архитектурным центром обители. В XVIII веке были построены церковь Воскресения Словущего и трёхъярусная колокольня высотой около 30 метров. С 1680 по 1731 годы монастырь был приписан к Заиконоспасскому монастырю, а в период с 1751 по 1776 годы на его территории размещалась Крутицкая духовная семинария.
Во время Отечественной войны 1812 года монастырь пострадал от действий французских войск: некоторые постройки были разрушены, а имущество разграблено. После войны обитель была восстановлена, и в 1855 году церковь Воскресения Словущего была перестроена по проекту архитектора Михаила Быковского. В 1833—1855 годах были возведены новые стены и ворота монастыря, а в 1886 году по проекту архитектора Василия Карнеева была построена южная часть стены.
В конце XIX века монастырь был преобразован в миссионерский, и в нём был создан институт для подготовки монашествующих, желавших направиться в просветительские миссии. Эта деятельность активно поддерживалась святителем Иннокентием, митрополитом Московским. В 1929 году монастырь был закрыт, а его храмы прекратили свою деятельность в 1926 году. Колокольня была взорвана, а на территории монастыря разместились различные светские учреждения, включая типографию, редакцию журнала и спортивный зал.
В 1994 году Покровский монастырь был возвращён Русской Православной Церкви и преобразован в женскую обитель. В 1998 году в монастырь были перенесены останки блаженной Матроны Московской, что сделало его центром паломничества. В последующие годы были восстановлены храмы и колокольня, а также открыт приют для девочек. Ежедневно монастырь посещают тысячи паломников.
Архитектурный ансамбль монастыря включает в себя собор Покрова Пресвятой Богородицы, церковь Воскресения Словущего, колокольню, настоятельский и братские корпуса, а также ограду с башнями. Эти постройки отражают архитектурные стили разных эпох и являются ценными памятниками русской архитектуры.
