На месте современного храма в Рогожской слободе первоначально находилась деревянная церковь, впервые упомянутая в 1625 году. В 1696 году в этой церкви был устроен придел святителя Николая Чудотворца. В 1701 году на её месте был построен кирпичный храм. Современное здание храма было возведено в 1748–1751 годах. Проект приписывается архитектору Дмитрию Ухтомскому. Главный престол был освящён в честь Феодоровской иконы Божией Матери, а боковые приделы — во имя святителя Алексия, митрополита Московского, и святителя Николая Чудотворца.
Архитектура храма относится к зрелому елизаветинскому барокко. К основному объёму (четверику) с востока примыкает полукруглая апсида, с запада — двухпредельная трапезная с трёхъярусной колокольней. Стены расчленены пилястрами и завершаются широкими карнизами. Окна второго этажа четверика увенчаны завершениями в виде разорванных фронтонов. Храм располагается на «стрелке» пересекающихся под острым углом улиц Николоямская и Станиславского, ранее завершая перспективу Владимирского тракта.
В 1778–1779 годах были выполнены росписи стен храма. Во второй половине XIX века при храме действовала богадельня на десять прихожанок. В начале XX века храм сохранял барочный иконостас 1751 года и росписи стен 1778 года. Среди ценностей были две иконы XVI века: «Рождество Христово» и «Деисус».
В 1922 году из храма были изъяты богослужебные предметы, облачения и ценности под предлогом помощи голодающим в Поволжье. Храм некоторое время оставался действующим, но, по воспоминаниям старожилов, был закрыт в 1928 году. В 1931 году начались работы по демонтажу храма: были снесены колокольня до второго яруса, барабан с главой и крестом. С 1966 года в полуразрушенном здании размещался завод по обработке специальных сплавов, а с 1984 года — ремонтно-строительное управление. В 1990 году здание использовалось как склад районного ремонтно-строительного управления. Часть ограды была разобрана, а к зданию были сделаны пристройки.
В начале 1990-х годов храм был возвращён Русской Православной Церкви, и начались реставрационные работы. В 2012 году было восстановлено завершение главного храма.
