Первое упоминание о деревянной церкви Илии Пророка в Тропарёве относится к XVI веку, когда село принадлежало Юрию Пушечникову. В период Смутного времени село было сожжено, и церковь утрачена. Восстановление села началось в XVII веке, когда Тропарёво стало собственностью Ивана Переносова. В 1654 году в селе была вновь построена церковь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1713 году Николай Петрович Коркодинов (Крокодилов) инициировал строительство каменного храма в стиле нарышкинского барокко. Церковь была освящена 1 ноября 1713 года, что подтверждается надписью на подпрестольном кресте. Архитектурно храм представляет собой стройное ярусное сооружение типа «восьмерик на четверике» с двухсветным основанием, завершающимся звонницей и высоким глухим барабаном, образующим самостоятельный ярус. К торцам здания примыкают пониженные трёхчастная апсида и трапезная с одноглавым приделом. Наружный декор включает сдвоенные полуколонки и узорчатые карнизы, оконные наличники украшены элементами «коруны».
При храме существовал придел в честь Казанской иконы Божией Матери. 18 февраля 1759 года в этом приделе произошёл пожар, в результате которого были утрачены иконы, иконостас, престол с антиминсом, жертвенник с сосудами, книги и крыша. Основная Покровская церковь осталась невредимой. Переславский архиерей постановил, что священник Исаакий Иванов, признанный виновным в пожаре, должен в течение года восстановить придел, иначе будет лишён прихода. 30 июня 1759 года была выдана благословенная грамота на восстановление престола и жертвенника, иконостаса с иконами и всей утвари в Казанском приделе, с указанием завершить работы в том же году. Однако к 1775 году придел оставался неосвящённым, и князь Алексей Васильевич Хованский, владевший тогда селом, решил переименовать его и освятить в честь святых Московских Петра, Алексия и Ионы. Придел был освящён 1 сентября 1778 года благочинным протоиереем Афанасием Репиным.
28 августа 1812 года, во время Отечественной войны, храм был разорён французскими войсками. Престол в Покровском храме был сломан; антиминс, одежды, сосуды с лучшей и дорогой ризницею были зарыты в трапезной под полом, но, по указаниям прихожанина села Тропарёво Михаила Иларионова, найдены и похищены, так что, кроме иконостаса, ничего не осталось. После изгнания неприятеля храм был освящён 15 февраля 1813 года благочинным священником Алексеем из села Борис-Городок.
Храм расположен на возвышенности на берегу реки Протвы и построен из кирпича. Внутри храма, в стене с западной стороны по своду трапезной, имеется ход на купол главной церкви, который, предположительно, служил ходом на колокольню. Под церковью существовал подземный ход, в котором в 1812 году размещалась французская конница. В 1866 году вместо ветхой деревянной колокольни была построена каменная. В храме находились древние иконы Покрова Пресвятой Богородицы, Казанской Божией Матери и Николая Чудотворца.
В 1991 году храм был передан Русской Православной Церкви. Настоятелем был назначен священник Александр Жемков. Работы по восстановлению храма выполнялись силами прихожан и школьников Тропарёвской средней школы. На территории были посажены деревья и кустарники, разбиты клумбы. Во время посадки зелёных насаждений был обнаружен надгробный памятник старого кладбища, что побудило энтузиастов к поиску и других надгробий, которые были установлены вокруг храма.
