В начале XVII века село, тогда известное как Мышкино, являлось дворцовым и уже в 1626 году имело деревянную церковь Покрова Пресвятой Богородицы. В переписных книгах 1627–1628 годов упоминается: «церковь Покрова Святой Богородицы в селе Мышкине, по окладу дани полтретья алтына, по наказу гривна».
К 1646 году в селе насчитывалось 19 крестьянских дворов, а при церкви служил поп Родион Иванов. Церковь описывалась как деревянная, клетцки, с трапезой и папертью, крытая тесом. При ней имелся придел во имя Николая Чудотворца, а также рубленая колокольня о шти углах с шатровым верхом и колоколами весом около пяти пудов.
В 1680 году церковь оставалась деревянной и старой, а поп Родион Иванов к тому времени скончался. В 1706 году, 8 октября, был выдан антиминс для Покровской церкви в селе Мышенском.
В 1769 году, согласно генеральному межеванию земель, село Мышенское входило в состав Хатунской волости Московского уезда и принадлежало графу Алексею Григорьевичу Орлову-Чесменскому. В селе насчитывалось 103 мужчины и 111 женщин, а церковь Покрова Пресвятой Богородицы имела церковную землю внутри Хатунской волости.
В 1800 году в селе была построена новая деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы с приделами во имя Тихвинской иконы Божией Матери и святителя Николая Мирликийского.
В 1870 году, 22 мая, священно-церковнослужителям и прихожанам Покровской церкви было разрешено построить новую каменную трёхпрестольную церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы с приделами во имя Тихвинской Божией Матери и святителя Николая. Строительство велось на церковные средства, пожертвования прихожан и другие источники.
Строительство каменного храма продолжалось несколько десятилетий. Приделы в честь Тихвинской иконы Божией Матери и святителя Николая Чудотворца были освящены в 1885 году, а главный престол Покрова Пресвятой Богородицы — в 1895 году.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное однокупольное сооружение с большой трапезной и колокольней, близкое к типовым проектам того времени. Стиль храма можно отнести к эклектике, сочетающей элементы различных архитектурных направлений.
В советский период, после 1960 года, храм был закрыт и использовался для нужд совхоза. Однако здание сохранилось и не превратилось в руины, как многие другие святыни Подмосковья. В 1993 году храм вновь открыл свои двери для верующих, начались восстановительные работы и возобновились богослужения.
В настоящее время храм действует, в летний период по субботам проходят молебны и панихиды, раз в месяц совершается Литургия. Проводится духовно-просветительская работа на приходе. Храм приписан к Никольскому храму в селе Семёновское.
