Первое упоминание о храме в селе Починки относится к 1646 году, когда здесь стояла деревянная церковь. На протяжении XVII и XVIII веков деревянные храмы неоднократно возводились на этом месте, заменяя друг друга из-за ветхости или пожаров. В 1842 году, по инициативе местного крестьянина Афанасия Иосифова, был построен каменный однокупольный храм в стиле ампир, посвящённый Архистратигу Божию Михаилу. Храм имел приделы в честь мученицы Параскевы и святителей Афанасия и Кирилла Александрийских. Архитектурно здание представляло собой бесстолпный четверик с боковыми портиками, завершённый массивным парапетом и увенчанный купольной ротондой.
К началу 1870-х годов, из-за бедности прихожан, храм начал приходить в ветхость. По свидетельствам того времени, иконостас и стены храма местами сильно потрескались, а живопись от давности и сырости утратила свой первоначальный вид. В 1876 году храм был полностью отремонтирован на средства богородского купца Михаила Фёдоровича Перемётова. В 1900–1902 годах, благодаря стараниям крестьянина села Починки Василия Перелетова, был отремонтирован иконостас, обновлена роспись храма, сооружены новые купола с вызолоченными крестами. В 1906 году вокруг храма была построена ограда, от которой до настоящего времени сохранились Святые ворота.
После Октябрьской революции храм продолжал функционировать, однако в 1938 году, в период советских гонений на церковь, он был закрыт. Последний настоятель храма, священномученик Димитрий Розанов, был арестован в 1937 году и расстрелян 25 ноября того же года на полигоне Бутово под Москвой. После закрытия здание церкви было заброшено и находилось в запустении, постепенно разрушаясь.
В 2002 году, после распада СССР, сильно разрушенное здание храма было передано Русской Православной Церкви, и началось его восстановление. Летом 2010 года в храме была совершена первая Божественная литургия после длительного перерыва. С 3 ноября 2015 года настоятелем церкви является священник Алексий Анатольевич Осипов.
