Село Хатунь, расположенное на реке Лопасне, является одним из древнейших поселений Подмосковья. В XII веке оно служило крепостью на границе Рязанского княжества, о чем свидетельствуют сохранившиеся до наших дней оборонительные валы. В последующие века Хатунь последовательно входила в состав Новгородского, Черниговского и Рязанского княжеств, а в XIV веке вместе с Коломной отошла к Московскому княжеству. Близость к реке Оке придавала Хатуни стратегическое значение в охране южных рубежей государства от набегов степных кочевников и крымских татар. Однако с расширением государственных границ на юг Хатунь постепенно утратила оборонное значение и превратилась в дворцовое село, став центром волости.
Согласно историческим документам, на погосте села с давних времен существовала деревянная церковь Воскресения Христова. В 1646 году в Хатуни упоминаются две церкви: Воскресения Христова и Рождества Пресвятой Богородицы. К 1709 году в селе насчитывалось уже четыре церкви: Воскресения Христова, Рождества Богородицы, Николая Чудотворца и Георгия Страстотерпца.
В 1785 году по заказу и на средства графа Алексея Григорьевича Орлова-Чесменского, владельца села Хатунь, началось строительство каменного трехпрестольного храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами святителя Николая Чудотворца и Воскресения Христова. Архитектурно храм представляет собой однокупольное здание с лепестковым планом, выполненное в переходном стиле от барокко к классицизму. Строительство продолжалось до 1818 года, когда была завершена трапезная, соединяющая основное здание храма с колокольней.
В советский период, в 1937 году, храм был закрыт. Колокольня и верхняя часть храма были разрушены, а в трапезной надстроен второй этаж и прорезаны дополнительные окна. В помещении храма разместился детский дом.
В 1989 году храм был передан общине верующих. К 1999 году проведены восстановительные работы, включая сооружение новой трехъярусной колокольни по проекту архитектора Игоря Гунста. В 2008 году отреставрирована ограда храма со Святыми вратами.
