Село Никоновское впервые упоминается в 1682–1683 годах, когда оно было передано из дворцовых сел в вотчину боярину А. Т. Лихачеву. В конце XVII века село перешло во владение Михаила Афанасьевича Матюшкина, отец которого, Афанасий Иванович Матюшкин, был двоюродным братом царя Алексея Михайловича. После смерти Михаила Афанасьевича его вдова, генеральша Софья Дмитриевна Матюшкина, в 1738 году инициировала строительство каменного храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
Архитектурно храм представляет собой характерный образец провинциальной постройки эпохи барокко. Здание кирпичное, бесстолпное, с одноглавым четвериком, к которому примыкают трапезная и колокольня. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для барочной архитектуры того периода. Храм был освящен 19 мая 1741 года.
В 1760 году село Никоновское насчитывало 99 дворов с населением 925 человек. В описаниях того времени упоминается каменная церковь Покрова Богородицы, господский дом и два сада. На местной речке функционировали две мельницы.
В 1825 году владельцем села стала Варвара Сергеевна Голицына, внебрачная дочь Сергея Петровича Румянцева. После ее смерти село перешло к ее дочери Зинаиде Павловне Щербатовой, жене московского гражданского губернатора Николая Александровича Щербатова. В 1862 году Зинаида Павловна подписала «Уставную грамоту» при освобождении крестьян от крепостной зависимости, предоставив крестьянам села Никоновское 838 десятин земли.
В конце XIX века в селе открылись несколько бумаготкацких фабрик. В 1912 году в селе действовало земское училище, а с 1880 года функционировала частная школа, где обучение вел причетник местного храма Павел Александров.
После революции 1917 года последние владельцы села, семья Оболенских, эмигрировали во Францию. В 1918 году на базе их имения было создано племенное животноводческое хозяйство, специализировавшееся на разведении свиней и крупного рогатого скота.
Покровский храм был закрыт на основании постановления Президиума Мособлисполкома от 14 марта 1933 года. Здание использовалось под столовую племзавода, внутреннее убранство было снято, а колокольня использовалась как водонапорная башня, что привело к ее повреждениям.
В годы Великой Отечественной войны на колокольне Покровского храма был устроен пост воздушного наблюдения. В 1943 году вблизи села разбился самолет Як-7Б, пилотируемый Арнольдом Мартыновичем Якобсоном. Останки самолета были обнаружены и подняты поисковиками в 2003 году.
