В начале XVII века в селе Шапкино существовала деревянная церковь Поклонения честных вериг святого апостола Петра с приделом святой Марии Магдалины. Однако во время польско-литовского нашествия она была уничтожена. В 1711 году князь Иван Осипович Щербатов построил новую деревянную церковь во имя святых апостолов Петра и Павла на прежнем месте.
В 1776 году, по инициативе вдовы подполковника Анны Ивановны Лопухиной, была возведена каменная церковь апостолов Петра и Павла. Храм имел два престола: главный — в честь апостолов Петра и Павла, и придельный — в честь святого мученика Иоанна Воина.
Во время Отечественной войны 1812 года храм был осквернён французскими войсками. После освобождения села в декабре 1812 года храм был повторно освящён.
В XIX веке храм неоднократно ремонтировался. В 1860–1870-х годах был проведён капитальный ремонт, финансируемый как прихожанами, так и сторонними лицами. Были заменены колокола, для чего средства собирались всем миром, учитывая бедственное положение крестьян.
В начале XX века Петропавловский приход включал деревни Шапкино, Никольское, Плесенское, Лопатино, Редькино и Порядино, с общим числом прихожан около 778 человек. Настоятель храма также преподавал Закон Божий в земском училище в Плесенском.
После революции 1917 года начались гонения на Церковь. В 1922 году из храма изъяли серебряные изделия общим весом более 18 фунтов, включая ризу особо почитаемой иконы святых апостолов. Несмотря на это, в 1923 году верующие добились государственной регистрации религиозной общины в Шапкине.
В 1934 году Московский областной исполнительный комитет принял решение о закрытии Петропавловской церкви для переоборудования её здания под клуб. Во время немецкой оккупации в 1941 году храм пострадал, а в 1970-х годах был окончательно разрушен, сохранилась лишь часть колокольни.
В 2003 году была зарегистрирована православная община с целью восстановления храма. В 2016 году началось строительство новой церкви на месте утраченной святыни. Проект был разработан архитектором Андреем Татуновым на основе старых фотографий и документов. В августе 2020 года были завершены отделочные работы, и в храме начались регулярные богослужения.
