Первое упоминание о церкви в Середниково относится к 1798 году, когда на средства коллежского советника Григория Петровича Оболенского была построена деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. До этого жители села были прихожанами храма в селе Колушке.
В 1822 году деревянная церковь сгорела. В 1836 году на её месте была возведена каменная церковь по проекту архитектора Больдемана. В 1849 году к ней пристроили колокольню.
В 1882 году церковь была капитально перестроена или возведена заново. Новый храм представлял собой пятиглавый храм с трапезной и многоярусной колокольней, выполненный в "русском" стиле по проекту, близкому к типовым. Приделы трапезной были посвящены Спасителю, исцелившему расслабленного, и иконе Божией Матери "Всех скорбящих Радости".
В 1937 году храм был закрыт. Здание использовалось под совхозный гараж, затем под склад удобрений, что привело к его значительному разрушению.
В 1990-х годах перед кладбищем в селе была построена рубленая деревянная часовня иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». С 2004 года начались восстановительные работы здания самого Никольского храма, и в 2005 году была совершена первая литургия.
В 2006 году начались активные восстановительные работы, и в 2022 году епископ Балашихинский и Орехово-Зуевский Николай совершил Божественную литургию в Никольском храме села Середниково.
