Село Серебряные Пруды, расположенное на реке Осётр, известно с XVI века. Название села, по одной из версий, связано с обилием небольших озёр и прудов, которые после весенних разливов воды и в осеннее время создавали впечатление серебристых бликов на поверхности земли. До XVIII века Серебряные Пруды имели статус города, но при административном делении 1708 года они были преобразованы в село и перешли во владение графа Петра Борисовича Шереметева. С тех пор имение в этом селе принадлежало роду дворян Шереметевых.
Первая церковь в селе была основана в третьей четверти XVI века. В 1782 году на её месте была построена новая деревянная церковь святого Николая Чудотворца с приделом преподобного Сергия Радонежского. Однако со временем деревянная постройка обветшала, и возникла необходимость в возведении нового храма.
В 1835 году граф Николай Петрович Шереметев инициировал строительство каменного пятиглавого храма в стиле ампир. Главный престол был освящён в честь святителя Николая Чудотворца, северный придел — во имя святителя Димитрия Ростовского, южный — во имя преподобного Сергия Радонежского. Придельные алтари были устроены на средства графа Дмитрия Николаевича Шереметева.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное здание соборного типа с элементами ампира. Пятиглавие подчёркивает торжественность и величие постройки. Внутреннее убранство храма отличалось богатством и изяществом, соответствующим вкусам и возможностям семьи Шереметевых.
В 1930-х годах, в период гонений на церковь, ограда храма была разобрана, а из её кирпича построена баня. Перед Великой Отечественной войной церковь была закрыта. Согласно свидетельствам местных жителей, во время войны немецкие войска использовали здание церкви под конюшню, а затем там содержались военнопленные.
После войны, благодаря ходатайству матери маршала Василия Чуйкова, храм был возвращён верующим. Ремонтно-восстановительные работы проводились в 1950–1960-х годах. В 1990 году в церкви вновь провели реставрацию: выложили мраморный пол, обновили иконостасы, заменили окна и двери, провели газовое отопление и водопровод. Весной 2016 года в храме обновили стенные росписи и заменили сводчатые окна на барабане главного купола.
В настоящее время Никольский храм полностью восстановлен и функционирует как действующий приход. Ему присвоен статус объекта культурного наследия регионального значения. При храме ведётся духовно-просветительская деятельность, действует воскресная школа. Богослужения совершаются регулярно в выходные и праздничные дни.
