Село Макарово, ранее известное как Пружки, упоминается в исторических документах с XVI века. Первая деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца была возведена здесь в начале XVI века. В 1585 году по заказу великого князя Василия Ивановича была построена новая деревянная церковь. Однако в период Смутного времени она была уничтожена. В 1781 году на погосте Пружки была возведена очередная деревянная церковь.
В 1881–1883 годах, вместо сгоревшей деревянной церкви, по проекту архитектора Александра Альбертовича Зборжевского была построена каменная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Строительство велось на средства прихожан и церковные суммы. Службы в новом храме начались в 1886 году.
Архитектурно храм представляет собой здание в русском стиле из неоштукатуренного кирпича на каменном цоколе. Композиция включает четверик с полукруглой обширной апсидой, трапезную и четырёхъярусную колокольню. На кровле четверика расположен гранёный барабан с луковичной главкой. Внутренние росписи храма относятся к концу XIX века и выполнены в духе академизма, с ярким колоритом и преобладанием синих и коричнево-красных тонов.
В 1929 году, в период гонений на церковь, храм был закрыт и осквернён: в его стенах размещались различные предприятия и организации. С 1959 года здание храма было заброшено и постепенно разрушалось.
В конце 1990 года, после распада СССР, храм был передан общине верующих, и началось его восстановление. Были проведены работы по укреплению фундамента, очистке и восстановлению фасадов, замене кровли над трапезной, прокладке новой электросети, мощению территории вокруг храма и установке нового освещения. В 2011–2013 годах прошла реставрация храма, выполненная архитекторами Артемием Родионовым и Ириной Можар.
В настоящее время при храме действует воскресная школа, молодёжный церковный хор и духовная библиотека. К церкви приписаны кладбищенская часовня Сергия Радонежского в селе Макарово и часовня Иверской иконы Божией Матери в Черноголовке.