В XVII веке на месте нынешнего собора в ямском селе Рогожа существовала деревянная церковь во имя святителя Николая Мирликийского. В период с 1755 по 1767 годы на средства прихожан был возведен каменный храм в честь Богоявления Господня с приделом во имя Николая Чудотворца. В 1782 году село Рогожа получило статус города и было переименовано в Богородск.
В 1822–1824 годах к храму пристроили трапезную с приделами в честь Покрова Божией Матери и святителя Николая. Эти изменения были связаны с ростом населения и увеличением числа прихожан. В этот же период была построена двухъярусная колокольня, которая впоследствии стала важным архитектурным элементом собора.
В 1873 году по прошению прихожан церковь была наименована собором. В связи с увеличением числа верующих и недостаточной вместимостью старого храма было принято решение о его разборке и строительстве нового, более просторного здания. В 1876 году завершилось строительство нового собора в честь Богоявления Господня с теми же приделами.
В 1885–1886 годах колокольня была надстроена третьим ярусом звона, что придало ей величественный облик. В 1890 году на колокольню был установлен колокол весом 1250 пудов (около 20 тонн), отлитый на пожертвования горожан. Этот колокол был самым большим среди колоколов в уездных городах России того времени. Всего на колокольне было размещено 13 колоколов.
Собор обладал значительным имуществом, включая каменную часовню в церковной ограде с более чем 90 иконами, каменный двухэтажный дом, построенный в 1834 году, и другие постройки. Эти объекты свидетельствуют о важной роли собора в жизни города и его прихожан.
В 1938 году, в период гонений на церковь, собор был закрыт. С 1940 года в его здании размещалось сапоговаляльное производство, связанное с использованием ядовитых препаратов, что негативно сказалось на состоянии сооружения. На территории собора также функционировала газораздаточная станция. В 1953 году местные власти предприняли попытку снести купола и разобрать колокольню, но благодаря усилиям общественности собор удалось сохранить.
В 1989 году собор был возвращен верующим, что ознаменовало начало нового этапа в его истории. В августе 1991 года в соборе состоялась служба у мощей преподобного Серафима Саровского во время их перенесения в Дивеево. Это событие стало важной вехой в духовной жизни прихода.
В 1993 году собор был захвачен раскольниками, но в ноябре 1997 года возвращен Русской Православной Церкви. 20 ноября того же года, в день обретения мощей священномученика Константина Голубева, настоятеля собора, было совершено первое богослужение в возвращенном храме. После этого началось постепенное восстановление приходской жизни, были проведены ремонтные работы и установлены новые резные иконостасы с писаными иконами.
Архитектурно собор представляет собой образец позднего классицизма. Его величественные белые стены с голубыми элементами и четырехъярусная колокольня делают его заметным архитектурным объектом в городской среде. Внутреннее убранство собора украшено фресками и иконами, выполненными мастерами своего времени.
В настоящее время Богоявленский собор продолжает оставаться духовным центром Ногинска. В нем регулярно проводятся богослужения, действуют различные приходские службы и объединения. Собор является неотъемлемой частью культурной и духовной жизни города, привлекая как местных жителей, так и паломников из других регионов.