История храма начинается с упоминания в документах 1627 года деревянной церкви во имя святителя Николая Чудотворца в селе Березна (Березня). В 1698 году на месте деревянной церкви была возведена кирпичная однокупольная церковь на белокаменном основании с колокольней. С 1705 года Березна с окормлявшим ближайшие сёла храмом именуется погостом.
В 1818 году к храму был пристроен южный Тихвинский придел. В 1841 году, по завещанию московского купца первой гильдии Сергея Григорьевича Зубова, Тихвинский придел был расширен, а с левой стороны храма построен придел во имя святителя Митрофана Воронежского. В 1840 году вокруг погоста была возобновлена каменная стена с четырьмя шестигранными угловыми башенками, существовавшая ещё с середины XVIII века. Внутри ограды размещались причтовые дома, построенные в 1844 году на средства вдовы С. Г. Зубова Анисьи Михайловны, и богадельня на пять мест, возобновлённая в 1840 году, служившая также странноприимным домом для прохожих паломников.
В приходе существовали две часовни. Первую, деревянную, в деревне Дашковка, в 1892 году построил крестьянин Павел Борисович Горячев в память об избавлении цесаревича, будущего императора Николая II, от покушения в городе Отсу (Япония) 29 апреля 1892 года. В 2003 году она была восстановлена жителями деревни Калиново и освящена во имя святителя Николая. Вторая часовня, каменная, на источнике вблизи храма, была возведена в 1912 году.
В советский период храм был закрыт не позже 1930-х годов. В 1953 году венчания были сломаны, и здание использовалось под хозяйственные нужды.
В конце XX — начале XXI века в помещениях бывшего храма располагался склад. В 2006 году в храме возобновлены богослужения, начаты реставрационные работы.
