Первое упоминание о селе Атепцево относится к XVI веку, когда оно вместе с прилегающими землями было передано Пафнутьево-Боровскому монастырю дьяком Андреем Яковлевичем Щелкаловым. В 1614 году в селе существовала ветхая деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Из-за её обветшалости было принято решение разобрать её и перевезти в Атепцево деревянный храм Покрова Пресвятой Богородицы из соседнего села Покровка, где устроили придел во имя святителя Николая. Эта церковь служила местным прихожанам около 280 лет.
В 1897 году, по инициативе священника Гавриила Молчанова и при финансовой поддержке владельца бумажной фабрики Андрея Ивановича Чижова и фабриканта Василия Васильевича Якунчикова, началось строительство нового каменного храма. 25 июня 1897 года церковь была освящена. Она была построена из кирпича, оштукатурена и внутри окрашена масляной краской.
В 1929 году храм был закрыт и переоборудован под клуб. В 1936 году здание церкви было взорвано.
В 2001 году при храме была зарегистрирована община, и богослужения начали проводиться во временном помещении. В 2003 году церковь была отстроена заново. В 2010 году возвели небольшую колокольню, а в конце 2011 года установили колокола.