Село Софьино впервые упоминается в письменных источниках во второй половине XVI века. Предполагается, что оно получило своё название в честь великой княгини Московской Софьи Витовтовны, супруги князя Василия Дмитриевича. В конце XVI века Софьино находилось в дворцовом ведомстве, то есть в собственности царя и царского двора.
На протяжении веков на возвышенности у погоста в селе Софьино существовала деревянная церковь, неоднократно обновлявшаяся. В 1680 году по осмотру было установлено, что церковь старая и ветхая, построенная на средства крестьян села, а не царской казны.
В 1713 году сибирский губернатор князь М.П. Гагарин, владевший в то время селом, подал прошение в Святейший Синод о постройке новой каменной церкви с двумя приделами — в честь великомученика Никиты и апостола Иоанна Богослова. Однако этот проект не был реализован. После казни князя Гагарина в 1721 году за казнокрадство его имение было отписано в казну, и Софьино вновь вернулось в дворцовое ведомство.
В 1765 году причт храма Софьино получил разрешение от императрицы Екатерины II на строительство нового кирпичного храма рядом со старым обветшавшим зданием. Строительство было завершено в 1770 году силами крестьян села, и 4 июля храм был освящён на прежнем антиминсе. Здание представляло собой бесстолпный, перекрытый сомкнутым сводом двусветный четверик, завершённый мощным пятиглавием. С запада к нему примыкала одноэтажная трапезная. Вероятно, тогда же была выстроена и двухъярусная колокольня храма, позже неоднократно перестраиваемая.
В конце XVIII века Софьино перешло к вице-адмиралу С.И. Плещееву и оставалось во владении его рода вплоть до отмены крепостного права в 1861 году.
В начале XX века настоятель Софьинского храма Александр Никулинский являлся благочинным церквей Бронницкого уезда. В 1906 году храм был расширен за счёт пристройки тёплого южного придела во имя пророка Илии.
В советское время храм подвергся разграблению и разорению. Здание использовалось как спортзал и производственные мастерские.
