Основание храма связано с деятельностью святителя Стефана Пермского, который в 1380 году прибыл в эти земли для распространения христианства среди зырянского населения.На месте языческой кумирницы он возвёл храм во имя Архистратига Михаила и основал при нём монастырь, ставший центром духовного просвещения и миссионерской деятельности в крае.
В период с конца XIV до середины XVI века Усть-Вымь служила резиденцией пермских епископов. Здесь находилась кафедра, и монастырь играл важную роль в управлении епархией. В 1564 году кафедра была перенесена в Вологду, что привело к снижению статуса обители. Впоследствии монастырь неоднократно приходил в упадок и возрождался, функционируя как Усть-Вымская Архангельская пустынь.
В 1764 году, в ходе секуляризационной реформы императрицы Екатерины II, монастырь был упразднён, а его храмы стали приходскими. К концу XVIII века в Усть-Выми оставалась только одна деревянная церковь. В 1786 году, по благословению Преосвященного Иринея, началось строительство каменного Михаило-Архангельского храма на месте ветхой деревянной церкви. К 1795 году здание было возведено под крест, а внутренние работы завершены к 1806 году. Роспись храма выполнял косланский иконописец Яков Попов. 25 января 1806 года храм был освящён во имя Архистратига Михаила.
В 1854 году Михаило-Архангельский приход был присоединён к Усть-Вымскому Благовещенскому приходу из-за нехватки земель для содержания причта. Приход был возобновлён по указу Святейшего Синода и просуществовал до начала 1930-х годов, когда церковь была закрыта советскими властями. Здание храма использовалось для различных нужд: в период функционирования Усть-Вымского лагеря ГУЛАГа НКВД здесь размещались столовая и клуб для начальства и охраны Вогваздинского лагерного пункта. С конца 1950-х годов до 1976 года в здании храма действовал сельский клуб с киноустановкой, а в 1980–1995 годах размещался музей истории села Усть-Вымь.
В 1995 году, к празднованию 600-летия со дня кончины святителя Стефана Пермского, храм был передан Айкинской Спасо-Преображенской православной общине, а в ноябре того же года – в бессрочное и безвозмездное пользование вновь открытому Михаило-Архангельскому мужскому монастырю. 21 марта 1996 года постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви монастырь был официально возрождён.
В настоящее время монастырский комплекс включает в себя несколько храмов и часовен. Среди них Стефановский храм, предположительно построенный в 1755–1766 годах, и Михаило-Архангельский храм, возведённый в 1795 году. Также на территории монастыря находятся часовни, братский корпус, трапезная и гостиница для паломников.
