Михаило-Архангельский мужской монастырь в селе Усть-Вымь основан в конце XIV века святителем Стефаном Пермским. На месте срубленной языческой березы-кумирницы был возведен храм в честь Архистратига Божия Михаила и прочих Небесных Сил Бесплотных. Рядом с храмом возник первый в Коми крае монастырь, ставший духовным центром региона.
В XV-XVI веках в Усть-Выми находилась кафедра Пермских епископов. Три святителя - Герасим (1416-1441), Питирим (1444-1455) и Иона (1455-1470) - продолжили миссионерские труды Стефана Пермского. Двое из них приняли мученическую кончину. В 1607 году состоялась их общецерковная канонизация, хотя местное почитание началось ранее.
В 1764 году в ходе секуляризационной реформы императрицы Екатерины II монастырь был упразднен. Монашеская жизнь возобновилась в конце XVII века, но ненадолго. Кафедра епископов к тому времени уже была перенесена в Вологду.
21 марта 1996 года указом Священного Синода Русской Православной Церкви монастырь был восстановлен. На территории обители находятся три храма: Михаило-Архангельский (1806 г.), Стефановский (1761 г.) и Преображенский. Сохранились мощи трех святителей Устьвымских, покоящиеся под спудом в часовне, освященной в 1996 году.
Архитектурный ансамбль монастыря включает также домовую церковь в братском корпусе, три часовни, трапезную и гостиницу для паломников. Стефановский храм является древнейшим сохранившимся кирпичным храмом в Коми крае.