В дозорной книге Яренского уезда 1608 года упоминается погост Ляли с двумя деревянными церквями: Богоявления Господня и Николая Чудотворца.К 1798 году обе эти церкви сгорели в результате пожара, произошедшего 8 мая того же года.
В период с 1852 по 1856 годы на месте сгоревших деревянных храмов была возведена каменная Богоявленская церковь. Строительство осуществлялось на средства местных прихожан. Новый храм имел три престола: в верхнем холодном храме — во имя Нерукотворного Образа Спаса (освящен 25 сентября 1857 года), в нижнем теплом храме — во имя Богоявления Господня (освящен в декабре 1857 года) и святителя Николая Чудотворца (освящен в июне 1888 года).
Архитектурно здание представляет собой двухэтажное сооружение в стиле классицизма. Фасады украшены карнизами, пилястрами и фигурными наличниками окон. Колокольня трехъярусная, завершенная высоким шпилем. Высота храма до креста главного купола составляет 47 метров.
В 1929 году храм был закрыт, и его помещения использовались под зернохранилище. В конце 1970-х и начале 1980-х годов здание храма пострадало от пожаров, в результате которых были уничтожены полы трапезной, храма и алтаря, а также иконостасы и другие элементы интерьера.
В 1992 году здание было передано в безвозмездное пользование православной общине, а в 1999 году возвращено Сыктывкарской епархии Русской Православной Церкви. С этого времени начались работы по восстановлению храма. В 2020 году были начаты работы по предотвращению влияния атмосферных осадков, в 2021 году центральный купол был покрыт металлической кровлей, а вокруг храма установлена ограда.
5 июня 2021 года на храм была установлена золотая маковка с крестом, что стало важным этапом в его восстановлении. В июне 2022 года на колокольню были установлены купол, шпиль и крест.