История монастыря начинается в 1820 году, когда в селе Орда, находящемся в 28 верстах от Кунгура, образовалось общество женщин, посвятивших себя подвижнической жизни. Они занимались чтением Псалтири по умершим, пением во время богослужений, обучением девиц грамоте, молитвам и рукоделию. В 1825 году группа монахинь переселилась в Кунгур и заняла дом при Иоанно-Предтеченской кладбищенской церкви. В 1832 году подвижницы приобрели усадебное место напротив кладбищенской церкви и приступили к строительству каменного двухэтажного дома. В 1851 году Кунгурская Иоанно-Предтеченская община была официально утверждена, и её попечителем стал кунгурский купец А. Г. Пиликин, который в течение 15 лет руководил строительными работами на территории монастыря. В 1868 году община была преобразована в Иоанно-Предтеченский женский монастырь.
Архитектурный комплекс монастыря включает в себя несколько зданий, возведённых в разные периоды. Каменное монастырское здание имело форму буквы «П» и состояло из пяти корпусов. В 1877 году был заложен храм в честь святых великомученика Пантелеимона и праведного Симеона Верхотурского Чудотворца, устроенный во втором этаже и соединённый с главным тремя арками. В 1903–1914 годах велось строительство каменной Иоанно-Предтеченской монастырской церкви с пределами Иверской Богоматери и Серафима Саровского. Освящение главного храма состоялось 21 сентября 1914 года. Архитектором проекта был А. Б. Турчевич. Стиль архитектуры сочетает элементы эклектики, русского и неорусского стилей.
К началу XX века монастырь был благоустроен, но испытывал недостаток средств. В обители проживали игумения, 32 монахини манатейных, 28 монахинь рясофорных, 83 послушницы и несколько чернорабочих. При монастыре действовали приют для девочек-сирот, свечное заведение и женское духовное училище, открытое в 1867 году.
В 1920 году советской властью были национализированы все земельные участки и подсобные хозяйства монастыря. 17 февраля 1921 года монастырь был закрыт, а его сооружения переданы в ведение Окрвоенкомата. В здании храма располагался спортивный клуб, открытый в 1925 году. В 1926 году помещения бывшего монастыря были переданы Кунгурскому исправкому, и в келейных корпусах разместились различные мастерские. В начале 1930-х годов на месте монастыря была организована трудовая коммуна ОГПУ для несовершеннолетних преступников.
Возрождение монастыря началось в 2004 году, когда Священный синод Русской Православной Церкви принял решение об открытии Иоанно-Предтеченского женского монастыря в Кунгуре для возрождения монашеской жизни. 12 мая 2005 года был зарегистрирован устав религиозной организации «Иоанно-Предтеченский женский монастырь в г. Кунгуре». В июле 2009 года в монастырь прибыли 9 насельниц, которые временно разместились на подворье в селе Колпашники, так как на территории монастыря в то время располагалась исправительная колония № 30. С марта 2010 года монахини проживают в Кунгуре, в деревянном доме напротив Иоанно-Предтеченского храма. В 2015 году, в год 190-летия возникновения монастыря, было подписано распоряжение о передаче федерального имущества в безвозмездное пользование Пермской епархии Русской Православной Церкви, включая келейные корпуса и храм Владимирской иконы Божией Матери. С 1 июля 2015 года на территории монастыря начались восстановительные работы.
